آنزیم هایی که برای بریدن DNA استفاده می شوندعبارتنداز:
اگزونوکلئازها: آنزیم هایی هستند که اسیدهای نوکلئیک را از یک انتها هضم می کنند، برای مثال نوکلئاز لوبیای Mung ، نوکلئاز BAL 31، Nuclease S1 و ...
اندونوکلئازها: آنزیم هائیکه رشته های DNA را در یک موقعیت داخلی می برند، یعنی پیوندهای میان یک مولکول اسید نوکلئیک را می شکنند برای مثال DNase I,RNase A, ، اندونوکلئازهای محدودگر مانند EcoRI, و Bam HI
آنزیم های پلیمر کننده DNA: آنزیمی که سنتز DNA را کاتالیز می کند برای مثال DNA Polymerase I، قطعه Klenow، Taq polymerase و ..
آنزیم های اتصال دهنده (Ligation) DNA: آنزیمی که پیوند کووالانسی میان شکاف در مارپیچ دو رشته ای DNA را کاتالیز می کند مانند T4-DNA ligase، E.coli DNA ligase و ...
آنزیم های تغییر دهنده DNA: مانند Alkaline phosphatase،T4 polynucleotide kinase ،terminal transferae، Methylase و ...

 

 

 

 

اگزونوکلئازها، آنزیم هایی هستند که اسیدهای نوکلئیک را تجزیه می‌کنند. آنزیم هائی که فقط دی‌ان‌ای را تجزیه می‌کنند DNAse و آنهائی که فقط RNA را تجزیه می‌کنند RNase نامیده می‌شوند. البته برخی از آنها هر دو نوع اسید نوکلئیک را تجزیه می‌کنند. از طرفی برخی فقط مولکول های تک رشته ای اسیدهای نوکلئیک و برخی فقط مولکول های دو رشته ای و برخی هر دو را تجزیه می‌کنند. نوکلئازهایی که اسیدهای نوکلئیک را از انتها تجزیه می‌کنند، اگزونوکلئاز نامیده می‌شوند که در زیر به توضیح اجمالی آنها می‌پردازیم.

گونه‌ها

• اگزونوکلئاز I: این آنزیم فقط بر روی دی‌ان‌ای تک رشته ای اثر دارد و رشته دی‌ان‌ای هدف را در جهت َ5 به َ3 تجزیه می‌کند. آنزیم فوق برای صاف نمودن انتهای مولکول های دی‌ان‌ای دارای انتهای چسبنده بکار می‌رود.

• اگزنوکلئاز III: این آنزیم فقط برروی دی‌ان‌ای دو رشته ای اثر دارد ولی فقط یکی ازرشته ها را درجهت َ5 به َ3 تجزیه می‌کند. این آنزیم در ایجاد انتهای چسبنده در مولکول های دی‌ان‌ای به کار گرفته می‌شود.

• اگزونوکلئاز VIII: این آنزیم فقط مولکول های دی‌ان‌ای تک رشته ای را از دو انتها تجزیه می‌کند. این آنزیم برای شناسایی اگزون ها بکار می‌رود

 

 

DNaseI

این آنزیم فقط قطعات دو رشته‌ای DNA را برش می‌دهند. از آن در حذف DNA در هنگام خالص سازی RNA، فوت پرینتینگ، شناسایی نواحی فعال کروماتین از نظر نسخه برداری استفاده می‌شود.
نوکلئاز S۱

این آنزیم از آسپرژیلوس اریزا بدست می‌آید و در آنالیز هیبریدهای RNA/DNA برای شناسایی اینترون‌ها، ایجاد مولکولهای دو رشته‌ای DNA با انتهای صاف و باز کردن ساختارهای سنجاق سر مانند که در هنگام سنتر cDNA ایجاد می‌شوند بکار می‌رود. در برخی موارد از آنزیم نوکلئازمانگ بین بجای نوکلئاز S۱ برای این عمل استفاده می‌شود. آنزیم فوق از نوکلئاز S۱ اختصاصی تر عمل می‌نماید.
نیکاز

این دسته از آنزیم‌ها فقط یکی از زشته‌ها را بر روی مولکولهای دو رشته‌ای DNA برش می‌دهند. مانند آنزیمهای HincII و gpA. آنزیمgpA به‌وسیله فاژ فیX۱۷۴ تولید می‌شود و در نشاندار کردن DNA به کار برده می‌شود.
نوکلئاز P۱

این آنزیم از باکتری پنسیلیوم کریزوژنوم بدست می‌آید و کلیه انواع اسیدهای نوکلئیک اعم از تک رشته‌ای و دو رشته‌ای را برش می‌دهد. از این آنزیم در آزمایشهای مختلف از جمله الکتروفورز با تغییر حرکت (EMSA) کاربرد دارد.
RNaseA
این آنزیم از پانکراس گاو بدست می‌آید و دارای فعالیت اندونوکلئازی بر روی مولکولهای تک رشته‌ای و دو رشته‌ای RNA است. برای حذف RNA در هنگام تلخیص DNA و همچنین شناسایی جهش‌های نقطه‌ای در مولکول mRNA استفاده می‌شود.
RNaseH

این آنزیم رشته‌های RNAای که بصورت هیبرید با DNA (RNA/DNA) می‌باشند را تجزیه می‌کند. کاربرد آن در تولید cDNA، شناسایی هیبریدهای RNA/DNA می‌باشد.
RNase ONE

این آنزیم فقط مولکولهای RNA تک رشته‌ای را برش می‌دهد و در تعیین توالی RNA، آزمون محافظت در برابر ریبوکلئاز، شناسایی نواحی غیر مکمل در هیبریدهای DNA/RNA کاربرد دارد.